自身免疫性疾病患者的免疫系统会攻击机体自身的组织，破坏它的结构引起功能损伤。这种疾病可以发生在机体的任何一个器官或组织。如炎症性肠病、类风湿性关节炎、I型糖尿病、多发性硬化、狼疮、银屑病、干燥综合症、突眼性甲状腺肿等是可以被鉴别诊断的80多种自身免疫性疾病的一部分。
　　自身免疫性疾病不像其它疾病那样有某种典型的症状，因为免疫系统会攻击不同的组织，从而引起多种复杂而又难以鉴别的症状。谁会想到炎症性肠病（典型症状是腹泻、腹痛、疲劳）、银屑病的皮肤损伤和突眼性甲状腺肿的突眼症状都是由免疫系统功能紊乱引起的呢？
　　自身免疫性疾病患者通常根据自已的主要症状找相关的医生诊治，例如，炎症性肠病患者找胃肠病专家，硬皮病患者找皮肤病专家等，但是自身免疫性疾病 患 者常常有慢性炎症以及其它相关症状，而且他们比较容易患其它类型的自身免疫性疾病。
　　自身免疫性疾病的症状非常复杂，以至于经验丰富的医生有时也会被它蒙蔽。美国自身免疫相关疾病协会调查指出，大部分病人在确诊患有自身免疫性疾病之前，都至少被误诊过1次。很多人被告知他们的症状是压力过大引起的。
　　虽然科学家们目前还没有对自身免疫性疾病的共同特征达成共识，但是许多科学家认为这种疾病与炎症反应有关。
　　自身免疫性疾病的常见症状
　　虽然每一种自身免疫性疾病都有独特的症状，但也有一个共同的特征：慢性炎症。慢性炎症产生的原因主要是调节性T细胞没有启动关闭炎症反应的机制，导致辅助型T细胞不断攻击机体自身的组织，产生持续的炎症反应，最终使组织遭到破坏，人体的正常功能受到影响。承受发热、疲劳、抑郁、肌肉痛或者关节痛等多种症状的折磨。
　　微生物假说指出，通过补充肠道内的抗过敏益生菌就可以预防过敏，如果微生物假说是正确的，那么增加消化道内抗过敏益生菌数量就能够预防甚至治疗过敏性疾病，而且可以避免因接触过敏原而过敏的风险。
　　传统治疗的两难处境
　　许多自身免疫性疾病患者面临着一个进退两难的问题：这种疾病大多是慢性的，需要长期接受治疗，而最有效的治疗方法通常都有一定的危险性或者不良的副作用。2002年，美国自身免疫性疾病联合委员会提出了一个宏大的研究自身免疫性疾病 的计划，这项研究的计划书中有这样一句话：调节性T细胞调控免疫反应的机制十分复杂，如果能够对这种机制进行调控，就可以预防或治疗自身免疫性疾病。我们知道新的抗过敏的乳酸菌菌株组合物康敏元益生菌通过增进TH1型免疫反应来调控因过敏而反应过度的TH2型免疫反应的方法来增进抗过敏的能力，并调整过敏体质。用抗过敏益生菌可以刺激调节性T细胞的生成，进而对免疫反应进行调控，科学家们已经在动物实验中成功地利用益生菌预防自身免疫性疾病的发生。